Et kanselli (fra latin cancellaria, cancer, «gitter», «skranke») betegner et sentralt forvaltningsorgan for en stat eller en organisasjon. Et kanselli var opprinnelig et embetsrom som var avdelt med en skranke. I middelalderen var det kanslerens kontor og de sørget for at kongens eller regjeringens dekret ble skrevet og sendt ut.

I Danmark-Norge var kanselliet, innført med eneveldet i 1660, delt i det danske kanselli, som hadde ansvaret for danske og norske innenrikssaker, og det tyske kanselli, som hadde ansvaret for utenrikssaker og saker angående kongens tyske hertugdømmer Schleswig og Holstein.

I Den katolske kirke opprettet pave Pius II kanselliet i 1463 og satte abbreviatorer til å skrive sine pavebrev.