SARS-CoV-2 Omikron-varianten

SARS-CoV-2 Omikron-varianten (også kjent som lineage B.1.1.529, GISAID-identifikator GR/484A, og Nextstrain-identifikator 21K[1]) er en av variantene av SARS-CoV-2, viruset som forårsaker covid-19. Den ble rapportert av Verdens Helseorganisasjon (WHO) fra Sør-Afrika den 24. november 2021.

Kumulative bekreftede funn av Omikron-varianten etter land og territorerMal:Legend-col

NavngivningRediger

Den 26. november 2021 designerte WHOs Technical Advisory Group on SARS-CoV-2 Virus Evolution B.1.1.529 som en Variant of Concern og WHO gav det navnet Omikron.[2]

Man hoppet over den greske bokstaven Ny[3][4], likeledes ble Ksi (Xi) hoppet over, uten at noen ny variant ble assignert til disse bokstavene. Den greske bokstaven O/o transkriberes, uttales og ser ut som det latinske alfabetets O; gresk Ν/ν transkriberes enten ny eller nu, gresk Ξ/ξ transkriberes enten ksi eller xi - det siste slik den kinesiske president 习近平 - Xi Jinpings slektsnavn romaniseres i pinyin-systemet.

Historie og spredningRediger

Det første kjente specimen ble hentet inn den 9. november 2021 fra Botswana.[5] Den ble også oppdaget i Sør-Afrika;[6] ett tilfelle hadde reist til Hongkong,[7][8] ett bekreftet tilfelle var identifisert i Israel hos en reisende som var returnert fra Malawi,[9] sammen med to som hadde returnert fra Sør-Afrika og én fra Madagaskar.[10] Et bekreftet tilfelle i Belgia syntes på ha blitt smittet i Egypt før den 11. november.[11] Innen 3 uker var viruset oppdaget i 87 land. [12]

Flere land innførte innreiseforbud for ankommende fra det sørlige Afrika: Dette er blitt gjort av Japan, Den europeiske union, Israel, Storbritannia, og USA.[13]

Omikron spredte seg også blant vaksinerte, og i Storbritannia var det effektive reproduksjonstallet for omikron-varianten 3,47 tidlig i desember, mens delta-varianten hadde mindre enn 1. [14] I Sør-Afrika var det effektive reproduksjonstallet nasjonalt 2,55 mens det i Guateng-regionen var over 3.[15] Omikron variantens evne til å smitte vaksinerte eller tidligere smittede med andre varianter har ført til rask spredning også grupper med høy immunitet mot de tidligere variantene. [12]

Et spørsmål som er vel så viktig som geografien, er hvordan omikron kan ha oppstått. En artikkel publisert i desember 2021 i Science[16] observerte at omikron ikke utviklet seg fra noen av de andre notable covid-varianter per 2021, men fra et egen «løype» som skilte seg ut fra hovedfeltet en gang i midten av år 2020. Dette er senere blitt generelt akseptert; men hvordan det kunne være mulig at en slik egen utviklingslinje kunne ha gått ubemerket til inn i november 2021, var uklart. Det ble i Science drøftet tre muligheter:

  1. Viruset kan ha sirkulert og utviklet seg i en befolkning som var lite påaktet - kanskje også isolert boende - og med lite sekvensering av smittefunn.
  2. Viruset kan ha utviklet seg over lang tid i en enkeltperson, som en pasient med kronisk covid-19, og eventuelt med andre sykdommer.
  3. Viruset kan ha utviklet seg i ikke-menneskelige arter, og så til slutt atter funnet veien tilbake til mennesker. Denne siste hypotesen fant noe støtte ved en forskningsrapport (pre-print-publisert) av 24. desember 2021 som ut fra analyser pekte på mus.[17]

Alle disse tre hypoteser har til felles at de ikke dermed bygger opp om det dreier seg om den forventede gradvise svekking av et virus' farlighetsgrad over tid - som gjest fra fortiden er den ikke en utvikling fra virusene fra den mer umiddelbare fortid.

Mutasjoner og epidemiologiRediger

Varianten har et høyt antall mutasjoner, hvorav noen vekker særlig bekymring. Antallet funn i lineage B.1.1.529 er stigende i deler av Sør-Afrika, for det meste i provinsen Gauteng.[18] Noen observasjoner viser at denne varianten innebærer en høyere risiko for reinfeksjon. Studier er under utarbeidelse for å evaluere mer presist hvordan viruset befinner seg med hensyn til smittsomhet, mortalitet og annet. Gransking pågår, også om vaksinenes effektivitet overfor varianten.[19][20]

Tidlige undersøkelser tyder på at virusvarianten har forhøyet risiko for reinfeksjon, som vil si at tidligere koronasmittede kan bli smittet på nytt.

 
Omikron-variantens mutasjoner

Varianten karakteriseres av 30 aminosyreendringer, tre små delesjoner og én liten innsetting i piggproteinet sammenlignet med det opprinnelige viruset, hvorav 15 er å finne i det reseptorbindende domene (residues 319-541). Det er også en rekke endringer og delesoner i andre genomiske regioner. Varianten har tre mutasjoner i furinspaltestedet (furin cleavage site).[21] Furinspaltestedet forøker SARS-CoV-2-virusets infektivitet (smitteevne).[22] Organisert etter genomisk region er mutasjonene de følgende:[23][24]

  • Piggprotein: A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ143-145, Δ211, L212I, ins214EPE, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
  • ORF1ab
    • nsp3: K38R, V1069I, Δ1265, L1266I, A1892T
    • nsp4: T492I
    • nsp5: P132H
    • nsp6: Δ105-107, A189V
    • nsp12: P323L
    • nsp14: I42V
  • Envelope protein: T9I
  • Membrane protein: D3G, Q19E, A63T
  • Nucleocapsid protein: P13L, Δ31-33, R203K, G204R

Subvarianter 2021–2022Rediger

På tampen av i 2021 fremstod det flere subvarianter av omikron som - trass omtrent uendet sykdomsforløpsprognose for de smittede - var bekymringsverdige fordi de spredte seg lettere (var mer smittsomme) og kunne i større grad omgå menneskers immunforsvar, også fullvaksinertes eller tidligere smittedes. Dersom tiden siden siste vaksinering var lang, steg risikoen.

BA.4 og BA.5 - Tidlig i mai 2022 tilkom varsko om omikronvariantene BA.4 og BA.5, som ble identifisert i Sør-Afrika, et av de få land som fortsatt sekvenserte store antall positive covid-19-tester. Siste på listen er Omicron-undervariantene BA.4 og BA.5, som nylig ble identifisert i Sør-Afrika, et av få land som fortsatt sekvenserer et stort antall covid-19-tester. Sør-Afrika hadde sett en rask økning i positive tester for covid-19, og myndighetene mente at BA.4 og BA.5 var ansvarlige. National Institute of Clinical Diseases i Sør-Afrika rapporterte at BA.4 og BA.5 var «Omikron-virus med en ny kombinasjon av mutasjoner.» Forskere i landet oppdaget BA.4 første gang 10. januar 2022, og den har siden spredt seg over hele Sør-Afrika, og utgjorde i mai nå 35 % av de positive testene. omikron subvariant BA.5 ble identifisert 25. februar, og utgjorde i mai 20 % av tilfellene i flere sørafrikanske regioner.

Begge undervariantene ligner på omikron BA.2, som siden senhøstes 2021 var blitt dominerende i Storbritannia, det kontinentale Europa og i USA. BA.3 har hatt sin styrke i Østasia.

Omikron-subvariantene BA.4 og BA.5 har identiske mutasjoner på piggproteinet – den delen av viruset som fester seg til reseptorer på menneskeceller – som skiller dem fra BA.2. Hver subvariant har sine egne forskjellige mutasjoner i andre områder av viruset. BA.4 ble erklært som en Variant of Concern i Storbritannia, og i midten av mai ble det funnet tilfeller i Vietnam og ved innreisetesting på Filippinene.

BA.5 var dominant i Portugal per 25. mai, der to tredeler av alle nye tilfeller var av den subvarianten.[25] Den 24. juni var BA.4 og BA.5 sammen blitt dominante subvarianter i Storbritannia og Tyskland.[26][27][28][29] De samme to ble funnet å være dominante i USA per 28. juni.[30][31] I slutten av juni stod BA.5 i Frankrike med 59% av nye tilfeller.[32][33]

BA.5-varianten av omikron ble av FHI den 29. juni erklært å være klart dominerende i Norge, og at den driver økningen i epidemien. Antallet innleggelser økte, skrev FHI, men det var foreløpig ingen tydelig økning i innleggelser på intensivavdeling.[34]

PrevensjonRediger

WHO anbefalte at folk burde fortsette med å lufte godt i trange rom, unngå sammenstimlinger og tett kontakt, bære masker som passer godt, vaske hendene hyppig, og la seg vaksinere.[19][2]

ReferanserRediger

  1. ^ «Tracking SARS-CoV-2 variants» (engelsk). Besøkt 27. november 2021. 
  2. ^ a b «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern». 26. november 2021. Besøkt 26. november 2021. 
  3. ^ Parekh, Marcus; Platt, Poppie; Team, Global Health Security; Barnes, Joe (26. november 2021). «Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears». The Telegraph (engelsk). ISSN 0307-1235. 
  4. ^ Meyer, David (16. november 2021). «What's Omicron? Here's what we know and don't know about the new COVID variant that's roiling markets and air travel» (engelsk). Besøkt 26. november 2021. 
  5. ^ Callaway, Ewen (25. november 2021). «Heavily mutated coronavirus variant puts scientists on alert». Nature. doi:10.1038/d41586-021-03552-w. 
  6. ^ «outbreak.info» (engelsk). Besøkt 26. november 2021. 
  7. ^ Covid: New heavily mutated variant B.1.1.529 in South Africa raises concern, 25. november 2021, BBC News, lest 25. november 2021
  8. ^ Tracking SARS-CoV-2 variants (Tables: Currently designated Variants Under Monitoring -describes 529 variant as present in 'Multiple countries'- and 'Formerly monitored variants'- B.1.523 & B.1.619 Reclassified Nov 2021). www.who.int, lest 25. november 2021
  9. ^ BNODesk (26. november 2021). «Statement from Israel's health ministry reporting 1 confirmed case of new coronavirus variant B.1.1.529» (Tweet). Besøkt 26. november 2021. 
  10. ^ 14:30 4 מאומתים לווריאנט החדש התגלו בארץ, רה"מ יקיים מסיבת עיתונאים translated: "...Verified for the new strain 4 verified for the new variant were discovered in the country...", m.ynet.co.il, lest 26. november 2021
  11. ^ Reuters (26. november 2021). «Belgium detects first case of new COVID-19 variant in Europe». Reuters (engelsk). 
  12. ^ a b Raquel Viana m. flere (7. januar 2022). «Rapid epidemic expansion of the SARS-CoV-2 Omicron variant in southern Africa» (PDF). Nature.  linjeskift-tegn i |tittel= på plass 43 (hjelp)
  13. ^ Linskey, Annie (26. november 2021). «U.S. to restrict travel from South Africa and other countries as it assesses risks of new omicron variant». Besøkt 26. november 2021. 
  14. ^ «Omicron Covid variant more than three times as infectious as Delta, new analysis suggests». inews.co.uk (engelsk). 7. desember 2021. Besøkt 14. desember 2021. 
  15. ^ «Virus Reproduction Number In South Africa's Omicron Epicentre Is ‘Something We Have Never Seen’ - Health Policy Watch» (engelsk). Besøkt 14. desember 2021. 
  16. ^ «Where did 'weird' Omicron come from?» (engelsk). Arkivert fra originalen 22. desember 2021. Besøkt 27. desember 2021. 
  17. ^ NIH: J Genet Genomics - Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant, 2021-12-24, lest 2022-91-13
  18. ^ Hurst, Luke (26. november 2021). «What we know so far about the B.1.1.529 'Omicron' COVID variant causing concern». Euronews. Besøkt 26. november 2021. 
  19. ^ a b Nebehay, Stephanie; Winning, Alexander (26. november 2021). «WHO names new COVID variant omicron, cautions against travel measures». Reuters. Besøkt 26. november 2021. 
  20. ^ Sample, Ian (24. november 2021). «Scientists warn of new Covid variant with high number of mutations». The Guardian. Besøkt 24. november 2021. 
  21. ^ Zimmer, Carl (26. november 2021). «New Virus Variant Stokes Concern but Vaccines Still Likely to Work». New York Times. 
  22. ^ Zhang, Liping; Mann, Matthew; Zulfeqhar, Syed; Reynolds, Hayley; Tian, E; Samara, Nadine; Zeldin, Darryl; Tabak, Lawrence (23. november 2021). «Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike is modulated by O-glycosylation». Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 118 (47): e2109905118. PMID 34732583. doi:10.1073/pnas.2109905118. 
  23. ^ «SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England, technical briefing 29» (PDF) (Briefing). 26. november 2021. GOV-10481. Arkivert (PDF) fra originalen 26. november 2021. Besøkt 26. november 2021. 
  24. ^ «Implications of the emergence and spread of the SARS-CoV-2 B.1.1. 529 variant of concern (Omicron) for the EU/EEA» (PDF). Besøkt 26. november 2021. 
  25. ^ «Variant BA.5 : après le Portugal, les autres pays européens» (fransk). 25. mai 2022. Besøkt 25. mai 2022. 
  26. ^ Gilchrist, Karen (24. juni 2022). «UK Covid cases surge following Queen's Jubilee celebrations, new variants become dominant» (engelsk). Besøkt 24. juni 2022. 
  27. ^ «Omikron-Subtyp BA.5 herrscht jetzt in Deutschland vor» (tysk). Besøkt 24. juni 2022. 
  28. ^ «RKI - Coronavirus SARS-CoV-2 - Wochenbericht vom 23.6.2022» (PDF). Besøkt 25. juni 2022. 
  29. ^ «BA.5 becomes dominant COVID-19 variant in Germany» (engelsk). Besøkt 25. juni 2022. 
  30. ^ Reuters (28. juni 2022). «Omicron sub-variants BA.4, BA.5 make up more than 50% of U.S. COVID cases - CDC». Reuters (engelsk). 
  31. ^ Hassan, Adeel (28. juni 2022). «The Omicron subvariants BA.4 and BA.5 have together become dominant in the U.S., the C.D.C. estimates.». The New York Times (engelsk). ISSN 0362-4331. 
  32. ^ SPF. «COVID-19 : point épidémiologique du 30 juin 2022» (fransk). Besøkt 1. juli 2022. 
  33. ^ «Variant Covid BA.5 : majoritaire en France, quels symptômes ?» (fransk). Besøkt 1. juli 2022. 
  34. ^ FHI: Ny risikovurdering om covid-19 , 2022-06-29, lest 2022-07-03