I magesekken tilsettes det inaktive proenzymet pepsinogen, produsert av hovedceller i magesekkslimhinnen. Pepsinogen blir omdannet til det aktive enzymet pepsin av saltsyren som finnes i magesyre. Pepsin er et unikt enzym fordi det virker best ved svært lav pH, noe som er nødvendig hvis enzymet skal kunne ha en funksjon i det svært sure miljøet i magesekken. Pepsin hjelper med å bryte ned proteiner til aminosyrer. Pepsin virker ved hjelp av vann og bryter opp peptidbindingen mellom de ulike aminosyrene i proteinene.

Pepsin i kompleks med pepstatin.