Ekskresjonssystemet er et system som renser kroppsvæske, hos virveldyr først og fremst blod, for avfallstoffer for å opprettholde et jevnt kjemisk miljø i kroppen. Hos pattedyr er systemet konsentrert i to nyrer som er koblet til urinveiene. Hos andre virveldyr er systemet mer spredt utover i dyret langs ryggraden («blodranna» hos fisk). Blant invertebrater er det vanligst med løstliggende enkeltelementer, såkalte nefridier, som filtrerer hemolymfen i den sekundær kroppshulen eller i vevet for å sile av nitrogenholdige avfallstoffer etter nedbryting av proteiner. Hos leddormer er det et par protonefridier per kropssegment.

Også andre organer hjelper til med utskillelse av avfallstoffer, slik som huden og lungene.