Plantedirektoratet var et dansk direktorat under Ministeriet for Fødevarer, Landbrug og Fiskeri som både hadde administrative og kontrollmessige oppgaver i form av kvalitetssikring av jordbruksprodukter som for eksempel frø, såkorn og gjødning samt miljøregulering av jordbruksproduksjonen.

Direktoratet ble opprettet i 1990 og hadde hovedsete i Sorgenfri, mens kontroll og prøver ble foretatt av seks distriktkontorer i Aalborg, Odense, Roskilde, Vejen, Viborg og Aarhus. Plantedirektoratet beskjeftiget ca. 500 medarbeidere.

I forbindelse med en større omlegging av Centraladministrationen i 2011, overgikk størstedelen av Plantedirektoratets oppgaver til NaturErhvervstyrelsen.