Madiun er en by i provinsen Øst-JavaJava i Indonesia. Befolkningen anslås (2005) til 186 100. Det er en stor kinesisk minoritetsbefolkning i byen.

Byen er særlig kjent for sin botaniske have.

Madiun ligger i et rikt jordbruksområde der det produserer bl.a. sukker, ris, kaffe, mais, kassava, tobakk og cinchonabark. Byen har også industri, som jernbaneverksted, tekstilproduksjon og sagbruk.