Lønnssystem er et system som benyttes for å føre lønn, produsere lønnsoppgaver til de ansatte, offentlige lønnsrapporter slik som terminoppgave, lønns- og trekkoppgaver og årsoppgave. Et lønnssystem hjelper brukeren med å finne korrekt skattetrekk for de ansatte, korrekt arbeidsgiveravgift, feriepenger etc.

Vanligvis er lønnssystemer egne programmer adskilt fra selve regnskapet. Man kan eksportere regnskapsbilag fra lønnssystemet til regnskapet slik at lønnskostnader blir korrekt postert. Noen økonomisystemer har integrert lønnssystem som automatisk posterer lønnsbilag i regnskapet.