Endospori er betegnelsen på det fenomen at en bregne, alge eller plantes gametofytt (haploid utviklingsgenerasjon med bare et sett av kromosomer) i sin helhet utvikler seg inne i organismens spore, uten å bryte ut av denne. Gametofytten blir derved aldri større enn selve sporen som produserer den. I bakterier kaller vi slike «innevoksende» fase-strukturer for endosporer, og de beskytter ofte bakterien.

Innenfor bregneplanter er flytebregner (Salviniales) alene om å ha formering ved en kombinasjon av heterospori og endospori, og dette gjør deres formering mer lik formeringen hos frøplanter enn formeringen hos andre typer bregner.

Det motsatte av endospori er eksospori, hvor gametofytt-generasjonen i løpet av sin utvikling bryter ut av sporen som skapte den, og utvikler seg ute i det fri utenfor sporen. De fleste bregneplanter har generasjonsveksling ved eksospori.