Cytoarkitektur er den cellemessige struktur i et vev/organ.

Innenfor biologi henspiller dette på hvordan cellene i et vev (biologi) er organisert, og innenfor neurovitenskap henspiller det konkret på hvordan soma til nevronene er organisert i hjernebarken. Innen neurovitenskap vil farvning av den grå materie vise cytoarkitekturen til de tett plasserte cellekroppene, i motsetning den hvite materie hvor man finner høy konsentrasjon av myelin og axoner.