Cis-trans-isomerer eller geometriske isomerer beskriver den romlige struktur av visse kjemiske forbindelser. Cis-trans-isomerer er en type stereoisomerer. Cis-trans-isomerer inneholder typisk en dobbeltbinding, som ikke er fri rotasjon omkring, eller en alifatisk ringstruktur, hvor rotasjon om bindingene er betydelig innskrenket.

cis-2-buten.
trans-2-buten

Det er to forskjellige slags cis-trans-isomer, de kalles henholdsvis cis og trans. Disse navn beskriver hvordan to substituenter, en på hver side av dobbeltbindingen, sitter i forhold til hverandre. Cis beskriver strukturen hvor de to substituenter sitter på samme side av dobbeltbindingen, mens substituentene i en transforbindelse sitter på forskjellig side. Et eksempel på cis-trans-isomerer er de to isomerer av 2-buten.

I ringstrukturer sitter to substituenter i en cisisomer på samme side av ringen, i en transisomer sitter det en substituent på hver side. Et eksempel på cis-trans-isomeri i ringstrukturer er de to isomerer av 1,2-dimethylcyclopentan:

isomerer av 1,2-dimethylcyclopentan