Klubben ble grunnlagt under navnet Montriond Lausanne i 1896 og gikk under dette navn frem til navneskiftet FC Lausanne-Sport i april 1920. Lausanne-Sport spilte i den øverste divisjonen (nå kalt Super League) i perioden 1906 til 1931, og fra 1932 til 2002. I disse to periodene vant klubben syv seriemesterskap og det sveitsiske cupmesterskapet ni ganger.
I juni 2002 ble Lausanne-Sport tvangsflyttet til andredivisjon (Challenge League) da klubben fikk problemer med økonomien og ikke kunne innfri lisenskrav fremmet av det sveitsiske fotballforbundet. Som følge av den økonomiske situasjonen ble klubben slått konkurs sommeren 2003, men fikk likevel starte om igjen i sveitsisk fjerdedivisjon.
Lausanne-Sport spilte seg dog raskt opp igjen i seriesystemet, og ved sesongslutt i 2010/2011-sesongen rykket klubben opp igjen til Axpo Super League. Samme år ble klubben også kvalifisert for spill i UEFA Europa League 2010/11 etter å ha nådd finalen i den sveitsiske cupen, noe som overraskende endte med gruppespill i samme pulje som CSKA Moskva, Sparta Praha og Palermo. I 2017/18-sesongen rykket laget ned fra Super League.