Aristagoras var lederen for den greske bystaten Miletos i slutten av 500-tallet f.Kr. og begynnelsen av 300-tallet f.Kr.

Han var sønn til Molpagoras og svigersønn (og nevø) til Histiaios som perserne hadde plassert som tyrann i Milet. Aristagoras fikk kontroll over byen da Histiaios ble utnevnt som rådgiver for den persiske kong Dareios. Da Naxos gjorde opprør i 502 f.Kr., ba de persiske overherrene på øya Aristagoras om hjelp, og han gikk med på dette siden han antok at han ville bli anerkjent som hersker over øya. Han allierte seg med Artafernes, den persiske satrapen i Lydia, og fikk en flåte. Aristagoras kranglet med admiralen Megabates under invasjonen som så informerte innbyggerne på Naxos om at flåten var på vei.

Invasjonen slo feil og alliansen med Artafernes falt fra hverandre. I et forsøk på å redde seg selv fra Persias vrede, begynte han å planlegge et opprør med mileterne og andre jonere. Imens håpet Histiaios fra sin post i Persia å begynne sitt eget opprør i Milet slik at perserne ville knuse det og gjeninnsette ham som tyrann. I Miletos fikk Aristagoras i 499 f.Kr. støtte av de fleste av innbyggerne med unntak av historikeren Hekataios. Et demokrati ble etablert og snart gjorde også andre joniske byer opprør mot perserne. Dermed startet det joniske opprøret.

Aristagoras reiste så til fastlandet i Hellas for å skaffe støtte til opprøret. I Sparta møtte han kong Kleomenes I og hevdet at en forebyggende invasjon av Persia ville bli enkel, der var mange rikdommer på veien og hovedstaden Susa var «bare» tre måneder unna. Kleomenes forkastet dette tilbudet, men Aristagoras lyktes bedre i Athen, siden det var enklere å overbevise en forsamling på tusenvis av athenere enn det var å overbevise en spartansk konge, ifølge Herodotos.

Med athensk hjelp ledet Aristagoras angrepet på Sardis, den persiske hovedstaden i Jonia. Men da det joniske opprøret til slutt ble slått ned og Histaios var gjeninnsatt som tyrann, flyktet Aristagoras til Thrakia hvor han forsøkte å etablere en koloni ved elven Strymon på samme sted som den senere athenske kolonien Amfipolis. Han ble drept av trakerne mens han angrep en av de trakiske nabolandsbyene.