Verdensmesterskapet i skiflyging 2006 ble arrangert i Bad Mitterndorf, Østerrike fra 12. til 15. januar 2006. Mesterskapet ble avviklet med trening og kvalifisering torsdag 12. januar, to individuelle renndager med to omganger hver 13. og 14. januar, og lagkonkurranse søndag 15. januar.
Tommy Ingebrigtsen fikk flest poeng i kvalifiseringen, mens Roar Ljøkelsøy hoppet lengst med 205,5 meter. Norges eneste vinner av et verdenscuprenn denne sesongen, Lars Bystøl, ble ikke tatt ut. Italia stilte ikke i mesterskapet, mens Japan stilte med et B-lag og fikk ingen med videre fra kvalifiseringen.