Protoporfyriner are tetrapyrroler som har følgende sidegrupper:

Protoporfyrin IX er et stoff som blir mye brukt i kroppen som bæremolekyler for divalente kationer. Det er også et utgangspunkt for dannelsen av hemoglobin sammen med hem-grupper og Fe2+, og er også med i dannelsen av cytocrom og katalase. Sammen med magnesium ioner (Mg2+) er protofyren med i dannelsen av klorofyll

Protoporfyrin er rødbrunt av farge og er det pigmentet som gir mørke flekker på eggene til mange fugler.