Zeja (russisk: Зе́я; mandsju: Jingkiri bira) er ei elv i Amur oblast i Russland. Den er ei venstre sideelv til Amur, og er 1242 km lang, med et nedbørfelt på 233 000 km². Den starter i fjellkjeden Tokijskij Stanovik, som er en del av Stanovojfjellene. Zeja renner gjennom Zeja-reservoaret, og munner ut i Amur nær Blagovesjtsjensk.

De viktigste sideelvene er Tok, Mulmuga, Brjanta, Giljuj og Urkan fra høyre, og Kupuri, Agri, Dep, Selemdzja og Tom fra venstre.

Elven fryser til i november og er islagt til vårløsningen i mai. Langs Zeja finner man flere gode elvehavner, blant dem Zeja, Svobodnyj og Blagovesjtsjensk.