Pajok (også Parjok, Parajok) er en by med 49 000 innbyggere (2012)[trenger referanse] i Øst-Ekvatoria i Sør-Sudan. Byen ligger helt sør i Magwi fylke, 39 km sør for Magwi, nær grensen til Uganda. Den største folkegruppen i byen er acholi.

Under den andre borgerkrigen i Sudan (1983–2005) erobret Det sudanske folks frigjøringsbevegelse (SPLM) byen fra regjeringen. Mellom 1991 og 1994 tok regjeringsstyrkene byen tilbake, men i desember 1995 hadde SPLM igjen makten i byen. Dette året brøt Sudan diplomatiske forbindelser med Uganda og beskyldte landet for å angripe Pajok. Borgerkrigen opphørte i 2005, men Herrens motstandsarmé fortsatte aktivitet i området og angrep blant annet Pajok og andre flyktningleirer i Sør-Sudan og Uganda.[trenger referanse]

Hovedpersonen i Nils Harald Sødals roman Fuglene under himmelen er en flyktning fra Pajok, Sarah, som kommer til Norge.

Koordinater: 3°52′20″N 32°28′45″Ø