Mikroinjeksjon er en bioteknologisk metode for å overføre genmaterialet, det vil si DNA. Metoden går ut på å sprøyte inn DNA i andre celler ved hjelp av et tynt glassrør. Det tynne glassrøret stikkes først inn i en celle (eventuelt kjernen), og en sprøyter det genetiske materialet direkte inn. Ofte holdes også den største cellen eller kjernen i ro ved bruk av et glassrør.

Mikroinjeksjon brukes både i forbindelse med produksjon av planter som er bærer av egne og andres gener (transgene planter), og ved styrt overføring av gener til befruktede egg for å lage dyr med blandete gener (transgene dyr). Dette skjer hos pattedyr ved at man henter ut befruktede egg fra hunnindividet. Dette skjer tidlig, og må skje før sædcellen og eggcellen sine cellekjerner har smeltet sammen. Altså før det kan dannes en zygote.

Ønsket DNA-fragment sprøytes inn i en av kjernene før kjønnscellene smelter sammen og danner en zygote, og fosterutviklingen tar til. Den modifiserte eggcellen settes så inn i et hunnindivid, en rugemor eller en donormor, for videre utvikling. Denne prosessen har en del usikkerhet ved seg. For det første er det langt fra alle de modifiserte eggcellene som vil ta opp og uttrykke det overførte DNA-et. For det andre så vet man heller ikke hvor i genomet det nye DNA-fragmentet blir satt inn. Disse problemene løser man ved å ha en høy produksjon av avkom og en positiv seleksjon for dem som uttrykker genet. Det betyr at en del zygoter forkastes. Hos enkelte arter må de fødes før man finner ut hvem av dem som har blitt til fra en modifisert eggcelle, og som da vil uttrykke genet. Dermed er det også enkelte etiske utfordringer knyttet til bruken av mikroinjeksjon.