Kromatin er kombinasjonen av DNA og proteiner som utgjør innholdet i en cellekjerne. Kromatinets viktigste funksjon er å pakke DNA sammen så det ikke tar opp for mye plass i cellekjernen, å forhindre skade på DNA, å kontrollere genuttrykk og DNA replikasjon. Den viktigste proteinkomponenten i kromatin er histoner, som pakker DNAet sammen. Kromatin finnes kun i eukaryotiske celler, prokaryoter har en annen form for DNA-organisering som kalles "genophore" (Eng.).

Karyogram av en mann som viser den klassiske metafase kromatinstrukturen.

Kromatinstruktur er avhenging av flere faktorer. Den generelle strukturen varierer etter hvilket nivå av cellesyklusen vi er på: under interfase er kromatinet strukturelt løspakket for å gi tilgang til RNA- og DNA polymeraser som transkriberer og replikerer DNAet. Lokal kromatinstruktur under interfase er avhengig av DNAets gener: DNA med gener som ofte transkriberes er løsere pakket og er ofte assosiert med RNA polymeraser (kalles ofte eukromatin) mens DNA med inaktive gener ofte er assosiert med strukturelle proteiner (kalles ofte heterokromatin).

Når cellen forbereder seg til celledeling pakkes kromatinet tettere for å støtte deling av kromosomene under anafase. I denne delen av cellesyklusen er de individuelle kromosomene i mange celler synlige i et vanlig optisk mikroskop (se bildet).

Generelt kan vi si det er tre nivåer av kromatinorganisering:

  1. DNA pakket rundt histoner danner nukleosomer; "perler på en snor" struktur (eukromatin).
  2. Et 30 nm fiber som består av nukleosomer i deres mest kompakte form (heterokromatin).
  3. Metafase kromosomer under mitose og meiose, den tetteste mulige pakkingen av kromatiner.

Det er flere celler som ikke bruker denne typen DNAorganisering. For eksempel har både sædceller og røde blodceller i fugler kromatin som er enda tettere pakket enn de fleste eukaryotiske celler og trypanosomatid protazoa kondenserer ikke deres kromatin til synlige kromosomer for mitose.