FC St. Pauli er et fotballag fra Hamburg, Tyskland. Til sesongen 2010-2011 rykket laget opp i Bundesligaen etter å ha spilt tre sesonger i 2. Bundesliga, nivået under Bundesliga. Fra 2003-2004 til 2006-2007 spilte laget i Regionalliga Nord, der de alle årene var i opprykksstriden. Sist klubben var i Bundesliga var i 2001. Klubben spiller sine hjemmekamper på Millerntor-Stadion i bydelen St. Pauli.
Klubben er kanskje mest kjent for sine supportere, som anslås til å utgjøre ca. 11 millioner verden rundt. Siden den ligger midt i et av de fattigste områdene i det gamle Vest-Tyskland, et område som også har fostret en kraftig og aktivistisk venstreside, har særlig dette venstresidepreget bidratt til å meisle ut klubbens profil. Den var blant annet den første i Tyskland som nektet nazister adgang til kampene sine, og supporterne har stått i spissen for antirasistiske, antikommersialistiske og venstreorienterte miljøer blant fotballsupportere både nasjonalt og internasjonalt. Dette har bidratt til å gi klubben en helt spesiell stilling i punkemiljøer og venstreorienterte aktivistmiljøer internasjonalt. Blant annet har klubben et formelt samarbeid med det norske bandet Turbonegro, og klubbens uoffisielle symbol – piratflagget – er utbredt i store deler av den vestlige verden. Supporterne er også kjent for å drive dugnadsarbeid for klubben – da den var i økonomisk krise i 2002 var supporternes bidrag avgjørende for å forhindre konkurs. Klubben var også i 2006 arrangør for FIFI Wild Cup, et uoffisielt verdensmesterskap for «land» uten landslag.
Blant de klubbene St. Pauli har et særlig nært forhold til bør nevnes Celtic FC i Skottland, Bohemians 1905 i Tsjekkia og FC Köln i Tyskland. De norske fotballspillerne Morten Berre og Tore Pedersen har begge spilt i klubben. Mats Møller Dæhli spiller for klubben.
