Malpighiske rør er det viktigste ekskresjonsorganet hos enkelte laverestående dyr. Det malpighiske rør, er et rørformet organ, som leder fra kroppshulen og ut i tarmen. Det er et system av flere korte, tynnere rør som går ut fra hovedrøret. Dets oppgave er å ta opp avfallstoffer fra hemolymfen.

Foernklet tegning av det malpighiske rør.

Malpighiske rør finnes hos dyr i gruppen Uniramia, som insekter, mangefotinger, edderkoppdyr og bjørnedyr.

Navnet malpighske er fra zoologen Marcello Malpighi, som studerte anatomi. Han levde på 1700-tallet.