Kölnkrigen (tysk: Kölner Krieg, Kölnischer Krieg, Truchsessische Wirren og Truchsessischer Krieg) var en konflikt som fant sted fra 1583 til 1588 mellom tropper fra Kurköln og Bayern. Krigen ble utløst av forsøket til Köln erkebispedømme på å forvandle det katolske erkebispedømmet til et protestantisk hertugdømme.

Konflikten ble utløst av det forhold at hertugen Gebhard I von Waldburg i hertugdømmet Westfalen gikk over til protestantismen i 1582. Han måtte trekke seg etter et kort felttog i 1584. Den 2. februar 1583 ble han avsatt som erkebiskop og den 1. april 1583 ble han ekskommunisert av pave Gregor XIII.