Innavl er avvik fra tilfeldig parring i store populasjoner. Det vil si parring mellom beslektede individer som har alleler som er identiske ved nedarving ('identical by descent'). Når samme individ / person finnes flere steder i slektstreet til en etterkommer kan et sykdomsfremkallende gen finnes i begge kromosomene i et kromosompar hos etterkommeren. Et kromosom inneholder et stort antall gener / alleler. Et individ har mange par med kromosomer. I hvert kromosompar er det et kromosom fra faren og et fra moren. Mange sjeldne sykdommer er recessive, det vil si at sykdommen kun oppstår med sykdomsgenet i begge kromosomene i kromosomparet. Hermafrodittiske (tvekjønnede) individer har mulighet for den ultimate formen for innavl: sjølbefruktning. Innavl gir avkom med redusert genetisk variasjon og økt homozygositet, det vil si samme gen på samme sted i begge kromosomene i kromosomparet.

Innavl fører til økt forekomst av homozygositet hos populasjonens individer. Det vil si at de samme genene finnes i begge kromosomene i kromosomparet. Dødelige eller skadelige alleler vil i økt grad forekomme i homozygot form som resultat av innavl. Dette vil generelt gi populasjonen redusert fitness og altså avkom med generelt redusert overlevelse og/eller vigør – innavlsdepresjon.

En del sykdommer overføres recessivt, det vil si at ett slikt allel ikke gir sykdom før det samme allelet er til stede på begge kromosomer i individet, det vil si at allelet arves fra begge foreldrene. Slike sykdomsframkallende alleler er ofte defekte, dvs. at mutasjoner gjør at allelet ikke lenger koder for et funksjonelt protein.

En populasjons sunnhet betegnes ofte ut ifra heterozygositet. Det vil si at kromosomene i hvert kromosompar vanligvis er forskjellige. En populasjon som er sterkt preget av innavl, dvs. at populasjonens fitness er redusert i forhold til en populasjon der innavlsnivået er lavere, er rammet av innavlsdepresjon. I avlssammenheng kan tiltak mot innavlsdepresjon være å innføre nye individer med annen genetisk sammensetning fra fjerntliggende områder.

Et eksempel på en art som er utsatt for innavlsdepresjon på grunn av liten bestand er den norske fjellreven[trenger referanse].

I Telemark har det vært overhyppighet av en alvorlig muskelsykdom (Duchennes muskeldystrofi). Dette er en recessiv sykdom som oppstår når genet finnes i begge kromosomene i kromosomparet.

I Setesdal har man en tilstand som lokalt ble kalt setesdalsrykkja. Dette var den nevrologiske sykdommen Huntington.

Se også rediger