Genetiske markører er DNA-sekvenser som brukes i genetikken, og særlig innen populasjonsgenetikk til å identifisere individer eller arter. Genetiske markører er variable, det vil si at de forekommer som ulike alleler i en populasjon. En genetisk markør kan være en kort DNA-sekvens, som for eksempel en kort sekvens rundt ett variabelt nucleotidsete (SNP, fra eng, single nucleotide polymorphism), eller en lengre DNA-sekvens som en mikrosatellitt.

Genetiske markører har mange anvendelser. De kan brukes til å studere sammenhengen mellom arvelige sykdommer og deres genetiske basis, for eksempel når en spesifikk mutasjon forårsaker et defekt protein. En genetisk markør som ligger på samme kromosom og i nærheten av den aktuelle sykdomsfremkallende mutasjonen vil gjerne nedarves sammen med sykdommen og dermed indikere området hvor den skadelige mutasjonen befinner seg.

Genetiske markører brukes videre til å teste slektskap mellom indvider, for eksempel i farskapssaker, siden slektninger har like alleler på grunn av felles arv.