Fusjonsgen er et hybridgen som har opphavsekvenser fra to ulike gener. Dannelse av fusjonsgener skjer ofte i forbindelse med kreftutvikling, gjerne ved at et proto-onkogen får overuttrykk etter at det bindes sammen med et oppstrøms gen med sterk promoter. Fusjonsgener dannes ofte som følge av en translokasjon (f.eks. Philadelphiakromosomet; t(9;22); kronisk myelogen leukemi) eller ved sammenføyning etter tap av genetisk materiale mellom de to gjeldende genene (f.eks. TMPRSS2-ERG i prostatakreft).

Bestemmelse av fusjonsgener gjøres ofte i forbindelse med kreftdiagnostikk. Metoder som benyttes er gjerne karyotypering, fluorescens in situ hybridisering (FISH), og RT-PCR. Nye metoder som storskala DNA/RNA-sekvensering og DNA mikromatriser er lovende for framtidens kreftdiagnostikk.