Eksotoksin er et løselig protein som blir skilt ut av en mikroorganisme, inkludert bakterier, sopp, alger og protozo. Et eksotoksin kan forårsake skade på verten ved å ødelegge celler eller ved å forstyrre stoffskiftet. Både gram negative og gram positive bakterier produserer eksotoksiner. Eksotoksiner kan sekreres eller, slik som endotoksiner, bli frigitt ved lysering av cellen.