Šešupė (polsk: Szeszupa, russisk: Шешупе – Sjesjupe, tysk Scheschup(p)e) er ei elv i Polen (27 km) Litauen (158 km) og Russland (62 km). Den er ei sideelv til Nemunas, og er totalt 298 km lang, med et nedbørfelt på 6 105 km².

Kart med Šešupė uthevet

Den har sitt utspring 18 km nord for Suwałki. Elva renner 51 km langs grensa mellom den russiske enklaven Kaliningrad oblast og Litauen. Middelvannføringen er 18 m³/s (nær Kudirkos Naumiestis). Šešupė munner ut i Nemunas nær byen Neman.